En 1996, el programa de Fortalecimiento Institucional de la CSIC aprobó un proyecto para el desarrollo de posgrados en áreas aplicadas de Biología y Medicina (Ciencias Ambientales y Biotecnología). En el marco de este proyecto, un grupo de docentes de la Facultad de Ciencias realizó, en el verano de 1997, un curso de posgrado teórico-práctico (220 horas) en el que se abordaron diversos aspectos de la temática ambiental bajo un enfoque interdisciplinario.
Como resultado de esa experiencia, surgió una propuesta innovadora de formación a nivel de posgrado en la Universidad de la República, el Programa de Maestría en Ciencias Ambientales, que se inició en agosto de 1997 con un total de 21 estudiantes. El cuerpo académico del Programa estaba integrado por docentes de plantilla de la Facultad de Ciencias, al que se incorporaron otros investigadores a través del Programa de Contratación de Académicos Provenientes del Exterior de la CSIC.
En el transcurso de estos 20 años el equipo académico docente se ha fortalecido a través de la participación de docentes de otras Facultades de la UdelaR así como de Universidades extranjeras, y se ha ampliado la oferta de formación en el área ambiental. En tal sentido, en el año 2017 fueron aprobados por el Consejo Directivo Central los Programas de Especialista en Ciencias Ambientales y de Doctorado en Ciencias Ambientales.
Al día de hoy la Maestría cuenta con 65 egresados y 22 estudiantes, todos con formaciones de grado diversas. Las tesis defendidas abarcan una gran variedad de temas ambientales, tales como impacto ambiental, servicios ecosistémicos, indicadores biológicos, contaminación, etc.
